ファイルのロックするのにflock関数を使わずに
ファイルロック用の関数を自分で作って試してみろって事

1　A.plがファイルにアクセスする前にAが処理対象のファイル使用中って意味で
　　空のファイル（ディレクトリ）を作る。
2　B.plはロックの目印用のファイル（ディレクトリ）があったら処理を待つ。
3　A.plは対象のファイルを処理し終わったら、目印用のファイル（ディレクトリ）を消す
4　B.plは目印用のファイル（ディレクトリ）がない事を確認して、対象のファイルを処理する
　（B.plが処理中は、もちろんB.plがロックの目印用のファイルを作っておくこと）

ttp://homepage1.nifty.com/glass/tom_neko/web/web_04.html


これやってもうまくいかないならロック云々が問題じゃない
あとは（既に）ｽﾚ違いな質問だから他ｽﾚに言って続けてくれ。