>708
プリアンブルに

\@addtoreset{equation}{section}
\def\theequation{\thesection.\arabic{equation}}

上→section が変わったら equation 番号を1に戻す
下→式番号を section番号.式番号 という体裁にする(これにカッコがつく)

のように書けば本文が (1.44) で付録が (A.1) になる。これを書かずに

\appendix
\resetcounter{equation}
\def\theequaton{\thesection.\arabic{equation}}

とすれば、708のとおり本文は (44) で付録が (A.1) になる。