最新版でそのバグが直っている可能性が高いわけで、とりあえず、バージョンをあげるってのが解ではないかな。

エラーメッセージの意味は、
永続的接続を使う時、後からfetchModeを変えるなよ。さもなければPHPはクラッシュするよ。（現バージョンでは）
っていう意味だと思うので、
永続的接続を使うなら、最初っからfetchMode込みでPDOを有効にするとかで回避できないかな。（想像だけど）