33じゃないけど、そもそもclass_existsを実際に使いたい場面ってのは、基本的にautoloadとは違う仕組みでincludeしたいときだったりする。
例えば、フレームワーク自体を製作する側から見ると、アクションコントローラやビューのクラスをフレームワークの仕組みに従ってロードしたい場合。
フレームワークの作者は、ユーザがautoloadを定義している場合に備えて、class_existsの第二引数に気を遣わないといけない。

で、autoloadとclass_existsが共存するようなシチュエーションは、フレームワーク製作のこういう部分でしかまず見られないよね、って話になると、ああデフォルトではautoloadを見に行かないほうがいいわなってなるわけよ。
autoloadでロードされる「その他一般の自作クラスライブラリ」たちとは別の、特別な専用ディレクトリからロードしたい時が、まさにclass_existsの使いどころだから。

まあ他にclass_existsを有意義に使える場面があるなら、また話は違ってくるんだろうけど。
ここまで書いてふとスレタイを見たら、今頃CIスレであることに気付いた・・・orz