もちろんインラインで書くことのデメリットがあるのは認めるよ。
Javaのようにいちいちクラス、メソッドを作った方がバグの混入の可能性を下げられるし、グループ開発では疎結合が好まれるだろう。
が、Perlの記述性の高さは個人の能力を最大限に生かせる。ウェブアプリのような比較的規模の小さいプログラミングではこのメリットは大きいよ。
そして、PHPにはPerlの記述性の高さもJavaの信頼性の高さもないということ。あるのは、とにかく覚えるのが簡単ということだけ。