GUIの設定だって、何らかのプロファイルやスキーマ（iniとかxmlとかレジストリ）に残すでしょ
そもそも、そういうのに残してなきゃGUI上のチェックボックスやリストボックスに表示する元ネタが無いわけで
その元ネタをマイグレーションするツールだって何かしら付くのが普通

LinuxもWindowsも大差はないよ