フォントの表示に影響する設定関係のファイルは
~/.gconf* か .fonts.conf の他にありますか？

ちなみにgnome環境はインストールしてないので
~/.fonts.confのみかと認識してるのですが。。

＃ブラウザにてフォントが滲むので原因を探しています。
useradd -m hoge などで新規ユーザーを作成すると何の問題もないのに。。