解決したので後に同じ状況になった人のために書いておきます。
原因はFedora8から9にしたためにパッケージが残っていたためでした。
僕はインストールしたばかりだったので、
package-cleanup --orphansで表示されたパッケージをすべてrpm -eで削除して解決しました。
かなり力業だと思われますので注意してください。
また、僕も今日行ったばかりなので何がおこるかわかりません。
すべて自己責任ですので注意してください。
皆さんありがとうございました