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ここ誤解している人が多いね。無理からぬことだが。

作りなおしてくれるのはhost keyだけで、今回vulnkeyに怒られているのは
ユーザの秘密鍵。秘密鍵はそれぞれのユーザで ssh-keygen で作りなおせば
いいと思うよ。

それよりも、その鍵でログインできるように設定したリモートサーバが
やられちゃってないかおお急ぎで確認したほうがいい。