敵の配置方法に、スクロール方向や経過時間と無関係な、”マップ配置”なるものを、任意スクロール用に追加したらどうだろう？？
マップ上のＸ，Ｙ座標を指定して、敵を配置して、自機が近付く（指定座標がスクリーン内に入った）時点で、敵がアクティブ化するような・・・

普通の座標配置だと、スクロール方向が限定されるし、あくまで一定速度で背景がスクロールしているのを前提に配置されてしまうので。
スクロールの方向や速度を無視して、なおかつ時間経過とも無関係な座標配置ができれば良いのかも。