自分も丁度新環境になって以前入れてたSDKが消えてるんで試してみたけど出来たよ。
ただし、注意が3つ。

まず自分の新環境は64bitなんでJavaSDKは公式に書いてあるのじゃなくて
64bit版を入れた（下記urlで一番下のx64ってやつ）。
http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk-6u29-download-513648.html

あとflexSDKは3.30.4852Aってのを入れたけどフォルダ名が左記のものになるんで
まずCドライブ直下に移動した後フォルダ名を「flex_sdk_3」にリネーム。

そんでもって公式にしたがい環境変数に「;C:\flex_sdk_3\bin;」と付け加えた。
フォルダ名をリネームしてなかったら、指定パスが違うので当然書き出しに失敗する。

上記やったうえで再起動したら書き出し成功。


・・・でもまぁ過去の経験から言って、flash書き出し使う場合、本当の地獄はここからだと思う。
これは理屈が通ってるから比較的楽に解決できるトラブルの類。
めげずに頑張ってね。