Joystickの設定OFFでJoyToKeyが使えるようになったので、パッドでプレイができた。
あとはDirectInputを使わずWinAPIのjoyGet〜あたりで
パッド入力を見るモードがあれば良いと思う。

DirectInputの罠に対するFAQページがありそうなものだが…見つけていない。