ご指摘の通り、敵国に再利用されない様にする為、艦を自沈させてから降伏するわけです。
陸軍でも、降伏する前に戦車等の車両は破壊します。
歩兵でも、携帯火器は使用不能にします。

相手側としても、敵国の有力な兵器は確保したい場合もありますので、
破壊されないで入手出来る様、駆け引きのある場合もあります。