チェックすべきポイント
・fontconfigやfreetypeのバージョン
・ヒンティングの設定
どうも前者(FreeBSD)のほうがヒンティングが強くかかってる気がする

設定は、MATEの場合はメニュー→システム→コントロールセンター→外観の設定
で開いて「フォント」のタブにある。