>>165
まったく根拠なしだが、日本語入力(IM)が悪さをしている可能性はあるかも
IMの候補表示ウィンドゥと、アプリケーションのウィンドゥがフォーカスを取り合っているとか
当時AfterStepでそんな現象が起こるとか聞いた気がする
※IM起動せずに使ってみると切り分けできるかと

俺も昔、AfterStep+Mozilla+kinput2なんて組み合わせで使ってたな(10年以上前か)