>>10
package-install 経由の場合、
init.el による初期化が終わった後にインストールしたパッケージの autoload の設定が読み込まれる流れだったはず。

解消法としては、
init.el のなるべく早い位置に (package-initialize) っていれるか、
after-init-hook の中で (helm-mode t) するか
(require 'helm) とかで明示的に読み込んでやらないとダメかと。