さくら VPS で
02:00 に portsnap cron update
03:01 にデフォルトの daily run output, daily security run output

の cron が動いてます。
後者はずっと 03:02 位にメールが来ていたのがいつのまにか処理が遅くなり４時台や５時台になっています。
ちなみにこの症状の時、リブートさせると通常１〜２分で再起動するのが、１０分以上かかります。
サポートに問い合わせると、DISK I/O の負荷が高いのであなたの VPS に制限が掛かっているとのこと。
何にも重い処理していないので、おそらく 03:01 の daily だろうと昼間の 15:01 に変えたところとりあえず改善されたような気がします。
とはいうものの、さくらの VPS に不信感を覚えたので引っ越しを考えています。

というわけで FreeBSD が使える VPS（クラウド）でさくら以外のおすすめがありましたら教えて下さい。

なお正月休みに ConoHa をテストしましたが悪く無さそうに感じています。