>>418 は自決したのでその報告を

必要なこと (だと思われること) を記述しておきます

* gtk.immodules に適切な記述があること (ない場合は次のようにファイルを生成する)
# gtk-query-immodules-2.0 /usr/local/lib/gtk-2.0/2.10.0/immodules/im-ibus.so >> /usr/local/etc/gtk-2.0/gtk.immodules
# gtk-query-immodules-3.0 /usr/local/lib/gtk-3.0/3.0.0/immodules/im-ibus.so >> /usr/local/etc/gtk-3.0/gtk.immodules

* 環境変数に以下のものを設定すること
$ echo 'export GTK_IM_MODULE=xim' >> ~/.xprofile
$ echo 'export XIM=ibus' >> ~/.xprofile

* 環境変数に《設定してはならない》もの
$ echo 'unset GTK_IM_MODULE_FILE' >> ~/.xprofile

これで問題なく GTK2/3 で ibus 入力できるようになりました