ヘルプ読むと
"eol", "extends", "precedes" には強調表示グループ "NonText" が、
"nbsp", "tab" と "trail" には "SpecialKey" が適用される。
らしいから
hi SpecialKey ctermfg=red guifg=red
みたいに指定すればいいんじゃない。試してないけど