こんなふうにしました。
元のデータベースのJournal名を変えていないのでこれでいいかと。
#!/bin/sh
# convert full journal titles to the abbreviations in a .bib file.

if [ -z "$1" ]; then
echo "Usage: `basename $0` .bib_file"
exit 1
fi

jrnl="Journal"
abbr="Iso-Source-Abbreviation"
numj=`cat $1 | grep $jrnl | wc -l | sed "s/ //g"`
numa=`cat $1 | grep $abbr | wc -l | sed "s/ //g"`

if [ ! $numj = $numa ]; then
echo "Missing data (#jrnl = $numj, #abbrev = $numa)."
exit 1
fi

cat $1 | grep -v $jrnl | sed -e "s/$abbr/$jrnl/g" > abbr_$1
exit 0