あと、
ttp://www.compholio.com/latex/jabbrv/
これを試して、結果を報告して。

biberなら、biber.confに次のように書くとか。
<map>
<bibtex>
BMAP_OVERWRITE 1
<globalfield journal>
BMAP_MATCH Proceedings\sof\sthe\sNational\sAcademy\sof\sSciences
BMAP_REPLACE "PNAS"
</globalfield>
</bibtex>
</map>