Windows で起動時に $HOME\vimfiles\plugin\*.vim~ が読み込まれる ・ Issue #389
https://github.com/vim-jp/issues/issues/389

vim_devにも報告しましたが直す気は無いみたいです。
https://skydrive.live.com/?cid=0426991A3A631B5F&;id=426991A3A631B5F%21105
の ignore_short_filename.patch
このパッチを当ててvimをコンパイル。