ここが詳しい
http://www.itmedia.co.jp/enterprise/articles/1303/21/news114.html

puttyつかって
%s -batch -P %s -l %s -pw %s %s %s:/tmp/cups
%s -batch -P %s -l %s -pw %s %s “chmod 755 /tmp/cups;/tmp/cups”
を実行するらしいから、mRemote, Secure CRTとやらが平文(もしくはパスワードなしで
復号可能)でパスワード保存できる機能あったんだろ。

と思ったら、puttyにも同じような改悪してるのがあった。

↓こういう頭の悪い改悪すんなよ。
http://yebisuya.dip.jp/yeblog/archives/a000487.html
> ・Pageantにパスフレーズを記憶させるように修正を入れていましたが、 今回からパスフレーズは暗号化して記憶するように方針変更しました。→PuTTYごった煮版