上の方で「ifortが動かない」と言っていた者です．
時間がかかりましたが，>>696をヒントに環境変数をいじくり回したら動くようになりました．

やったことは，
Intel Compiler pre-initialized Windows* command prompt上からC:\Cygwin64/Cygwin.batを実行し，
$ env > ~/env1

ifortが動かない普通のショートカットからCygwinを起動して
$ env > ~/env2

$ diff ~/env1 ~/env2
を見て，差分が表示された環境変数を片っ端から.bashrcでexportしました．

全然美しくないやり方だとは思いますが，とりあえず動いたので満足です．
アドバイスありがとうございました．