取りあえず「ifort cygwin」で検索して一番上に出てくる
ttps://software.intel.com/en-us/articles/alias-method-for-using-intel-windows-compilers-under-cygwin-bash-shell
によると、ifortvars.bat で設定される環境変数が継承されるように Cygwin を起動しろ云々とあるけど、
その辺の環境変数周りは大丈夫なの？