screen 使い方間違ってない？
分割直後は分割先に何も割り当てされてないから
C-a tab とかで移動した後に C-a c とか C-a n とかやってシェル立ち上げるなり他のスクリーンを表示するなりしないと。

あと X うんぬんってのは cygwin の X サーバ使っててウィンドウを縦に並べるって場合の話だから今回のとは関係ないな