>>417
> bsdiffあたりで内容比べてみたら。

fc /b image_by_cygwin.iso image_by_linux.iso で比べると、
「FC: IMAGE_BY_LINUX.ISO は image_by_cygwin.iso より長いファイルです」
となり、image_by_cygwin.iso のサイズ分は、内容は同じようです。

で、その余りとなる差分の内容を dd if=image_by_linux.iso skip=... とし
て取り出してみると、すべて 0x00 で埋められていました。

なので、差分はなくても問題なさそうなのです。
ですが、なぜ、その差分が生じるのかが知りたくて質問しました。