media9（旧movie15）パッケージで外部Flashは埋め込めるみたいよ。
ttp://www.ctan.org/tex-archive/macros/latex/contrib/media9/
ttp://mirrors.ctan.org/macros/latex/contrib/media9/doc/media9.pdf

いや、まぁ「Acrobat Javascript Object Specification的に無理。」
らしいので無理。なんでしょうが。