複数ファイルか否かじゃなくて、やりたい処理に適してるかどうかで
sedかelispのどっちを使うのを決めればいい。

ファイルの前後を移動して編集するような操作の自動化は、
たとえ複数ファイルでもよくelispで書くよ。

私が使うのは、with-temp-files と、insert-file-contentsの組み合わせ。
たとえば、

(let ((files (file-expand-wildcards "~/hogehoge/*.txt")))
(dolist (file files)
(with-temp-file file
(insert-file-contents file)
いろいろな処理
　)))
という感じかな。
あと insert-file-contentsを使う場合は、文字コードとかの自動判別に
気をつけてね。。。