>>575
1、php-mode.elが標準で入ったのはEmacs23からだと思う。
それ以前は自分でインストールして使っていた。その設定例が多いのだと思う。

2、普通は上書きはしない。
別のディレクトリを用意して読ませるようにする。
どこを読ませるかは好みだろう。たとえばオレは ~/elisp/ ってのを作ってそこに入れる。

あと、たぶん大丈夫だろうけど、特定のパッケージだけバージョンを上げてみたら
それに含まれる関数が手元の環境の方に入っていなくて結局使えなかった、
なんてことも考えられるので、何かあったら自分でなんとかするんだ。