言われていることが再現できました。
jfbtermをLANG=ja_JP.UTF-8で実行し
uim-fepを実行で以下のような結果になりました。

$ set -o vi
$ echo \343\201\253\343\201\273\343\202\223\343\201\224
にほんご
$ set -o emacs
$ echo

echoのあとで日本語入力しました。
するとどちらのモードでも確定まえまでは正しく、
あとではviモードではバックスラッシュ付きの数字、
emacsモードでは消えてしまう。
そしてバックスラッシュ付きの数字は正確にコマンドに渡るようです。
LANG=ja_JP.SJISでも似たような感じで、
LANG=ja_JP.eucJPでは問題なし。