共有ライブラリのリンクの問題を除けば(ライブラリがあれば)、
Linuxだとkernel2.0時代のバイナリがそのままkernel2.6でも動くが、

FreeBSD 4.xのバイナリはFreeBSD 6.xでは動かない。(GENERICカーネル使用)

このへんに考え方の違いがあるね。