Mule-UCS の標準の設定だと japanese-jisx0208 より greek-iso8859-7 の優先度が
高く、ω はどちらにもあるから greek-iso8859-7 になっちゃってるのかな。

もし Mule-UCS を使うなら、un-define のロード前に
unicode-basic-translation-charset-order-list を変えると大丈夫かも。