バグですね
とりあえずこれでなおるはず
:set enc=latin1
:e ++enc=utf-8 /path/to/file
:set enc=utf-8
:w

ファイルの文字コードを指定して開きたいときはこうする
:e ++enc=utf-16le /path/to/file
encの設定はいらない
しかしユニコードを扱うならencもユニコードにしないといろいろとあれなのでその場合はenc=utf-8にしてから上記コマンドで開くといいでしょう