しかし、パーミッションを０００にすると
FTPクライアントから見えなくなる、というのは
サーバーの仕様なのだろうか？

国内のサーバーではおめにかかったことが
ないのだが。

海外ではこれが普通なのだろうか？

しかもFTPクライアントから見えないから、
わざわざそのサーバー会社が用意した
WEB上のファイルマネージャーを使って
パーミッションを戻さないといけないし。