>そもそもFreeBSDで利用される文字コードはEUCなのかUTFなのかもわからないです。

FreeBSD では色々な文字コードが使える。普通は ja_JP.eucJP だと思う。
ファイルシステム的には何でもいい。

>WinだとShift-JISでしたっけ。

バージョンによる。というか、問題はそこじゃなく、SAMBA 側の設定に合わせるか、
端末側の設定に合わせるかだろう。