ja-anthy-9100c
がはいっているなら
(push "/usr/local/share/emacs/site-lisp/anthy" load-path)
(load-library "anthy")
(setq default-input-method 'japanese-anthy)
を${HOME}/.emacs.d/init.el
などに書けばいいはずですが。

というか　emacs , anthy 設定　などでぐぐれ。