その後、諦めて使ってたんですけれども
>258の細かい発生条件が判ったので再度質問です。

・編集中に、アプリケーションから普通に名前を付けて保存
・保存先に、元ファイルがあるフォルダと同じフォルダを選ぶ
・保存名に、元ファイルと同じファイル名を選ぶ
・同じ名前のファイルがあります。上書きしますか？＞YESで保存

これが揃ったとき、アプリケーションやファイルの種類を問わず
>258が発生しているみたいです
ちなみに、普通に、直接「上書き保存」した場合は発生しません。

どなたか対策ご存じありませんか・・・？