まず、
＞sysinstallからlabelエディターでみるとswap以外noneになって
と
＞起動時に自動マウントされない
は無関係。
sysinstallのマウントポイントはインストール時のマウントと、
インストール時に自動でfstabを生成するためにしか使わない。
インストール後再度sysinstall起動してもswap以外は必ずnoneになる
# swapは(ad|da)[0-9]+(s[0-9]+)?bになるのでほっといても確定できる

で、mountできないのは大抵
・fstab書き間違えている
　　ざっと/etc下読んでみたけど、起動時にはmount -aは使ってない。なので、mount -aが通ったと言って楽観視はできない
・普通はいじらないファイルが編集されている
　　/etc/defaults/*とか/etc/rc.d/*とか
・オプティマイズしたつもりになって変な設定をしてる

あたりを疑う。