xorg7.2 にする時に /usr/ports/UPDATING 通りに mergebase.sh 
を使ってると rc.conf に

# added by mergebase.sh
local_startup="/usr/local/etc/rc.d"

が追記されて, /etc/rc.d/localpkg が /usr/local/etc/rc.d の方だけ
使うようにしてくれるはずです.