レスポンスを受け取ってからの書換えの話だったら
$HOME/.w3m/mailcap に
text/html; htmlfilter '%s'; x-htmloutput
という具合にフィルタを指定とかだね
で、htmlfilter を好きな言語で書く

でも、これだと大ざっぱ過ぎるよね。htmlfilter で素通し処理を入れてもいいけど
やっぱり、必要なサイトのレスポンスヘッダだけをいじって対象を絞ったり
リクエスト時にも何かやるために、どのみち proxy をかましたくなるはず