返信ありがとうございます。

portupgradeをinstallしたら
# portsdb -Uu
でINDEXの更新ができると思ったのですが・・・

ちなみにこの前に
cvsupをinstallし、設定をしてports更新をしました。
# cd /usr/ports/net/cvsup
# make install clean
# cp /usr/share/examples/cvsup/ports-supfile /etc
# cvsup /etc/ports-supfile

先ほど言い忘れましたがFreeBSD 5.5です。