Debian GNU/Linux で Emacs を使っています。
M-x version では次のように表示されます。

GNU Emacs 21.4.1 (i486-pc-linux-gnu) of 2007-01-04
on saens, modified by Debian

Emacs では 初期設定のための elisp 群は ~/.emacs.d/ という
ディレクトリに入れておくのでしょうか？自分で初期設定
を書いたとき（バッファのエンコーディングとかフックとか）
~/.emacs.d/.emacs.el というファイルに書いておけばいいのでしょうか？

昔は ~/.emacs に書いていた記憶があるのですが、
久々にまた使ってみようと思って浦島太郎状態です。