/usr/X11R6/etc/gtk-2.0/gtk.immodules
になかったのは
/usr/local/etc/gtk-2.0/gtk.immodules
にあったからでは?
/usr/ports/UPDATINGの20061014:の所にあるようにGTK+2とGNOMEの全てが
X11BASE (/usr/X11R6)からLOCALBASE (/usr/local)に移ったんで
ここいらをやってなかったのかも。