/usr/X11R6/etc/gtk-2.0/gtk.immodules
↑のファイルのim-scim.soの部分どうなってます？

"/usr/X11R6/lib/gtk-2.0/immodules/im-scim.so"
"scim" "SCIM Input Method" "scim" "/usr/X11R6/share/locale" ""

関係ないかもしれないけど↑のようになってなかったら直してみて
うちのはこれで入力できてます、SCIM+Cannaだけど…