原因がほぼ特定できました、

1.878さんがいう、vオプション
2.systemではなくpassthru関数を使用する

上記2点で解決しました、
なぜか system 関数では正しく標準出力されませんでした。
（catとかでは問題ないんですけど・・・）

ご助言ありがとうございました。m(_ _)m

ちなみにPHPをsuphpで動作させており、
標準出力の最初に
Content-type: text/html
X-Powered-By: PHP/バージョン
が出るためか、一部windows解凍ソフトではファイル破損とのエラーがでました。
実際は破損してないようですが、
ちょっと気持ち悪いので、これを解決する方法ってないでしょうか？