>無効にしたデバイスが割り込むのですか？

そういう事もある。stray irq とかもあるしな。

>そもそもBIOSとdmesg両方でIRQを確認して問題ない

新情報だな。こうやっていつまでも小出しにして行くんだろうな。
kernel の config ファイルで設定ミスってるとかも可能性としてはあるが、
もちろんそれも秘密なんだろうな。