アクティブパーティションかどうかじゃなくて、grubの問題じゃない？
俺、(solarisは知らないけど)linuxのFCxで何回もはまったから。

つまり、rootnoverify()で指定するHDDが、
(linuxで言うところの)/dev/hda1とかの順番とは関係なくて
BIOSで認識する順番なのよね。
つまり、BIOSでHDDの入れ替えやboot順の変更をしていると
grubの自動インストール結果と一致しなくなるということ。

違ったらごめんね。