-empty を使うと結果は >>579 ではなく
AAA/BBB/CCC/DDD/EEE
AAA/BBB/FFF/GGG/HHH
AAA/BBB/FFF/III/JJJ/KKK/LLL/MMM
になるはず。AAA/BBB/CCC/DDD の下に AAA/BBB/CCC/DDD/EEE があるから
-empty でひっかからない。

-type d でひっかかったディレクトリのそれぞれにファイルがあるかどうかを
ひとつずつ地道に調べるしかないんじゃ?