おおぉぉお、できました！
たしかにTLSRenegotiateあたりがおかしいようです！
おかげで以前の2GBのファイルもしっかりダウンロードできるようになりました。
どうもありがとうございました。

ところで、このTLSRenegotiateって、何かデフォルト値が既におかしいような気がします。
mod_tlsのドキュメントには、

TLSRenegotiate
Syntax: TLSRenegotiate ["ctrl" secs] ["data" Kbytes] ["timeout" secs]|["required" on|off]|"none"
Default: ctrl 14400 data 25165824 required true (for OpenSSL 0.9.7 or greater)
(required on じゃないのか？)

と、書かれているのですが、proftpd.confに直接
TLSRenegotiate ctrl 14400 data 25165824 required true
と記述すると止まらなくなりました。
この記述をコメントなりにすると、やはり1GBを少し超えたあたりでBroken pipeと表示されて停止しますね。